Ο Άγιος Ευστράτιος περιλαμβάνεται στο δίκτυο προστατευόμενων περιοχών «Natura 2000» λόγω των σημαντικών βιότοπων που διαθέτει. Το νησί ενδείκνυται για υποβρύχιο ψάρεμα καθώς οι πολυάριθμες βραχονησίδες του είναι πλούσιοι ψαρότοποι. Εάν διαθέτετε σκάφος θα σας προτείναμε να επισκεφτείτε τις θαλασσοσπηλιές στις οποίες γεννούν οι μεσογειακές φώκιες μονάχους-μονάχους.

Επίσης, στους περιπάτους σας στη φύση θα έχετε τη δυνατότητα να συναντήσετε διάφορα είδη πουλιών (μαυροπετρίτες, θαλασοκόρακες, γλάρους, μύχους) τα οποία φωλιάζουν στις βραχονησίδες του νησιού. Οι βελανιδιές που κοσμούν τις παραλίες προσφέρουν μια πράσινη νότα στο νησί και μπορούν να σας δροσίσουν με τον παχύ τους ίσκιο.

 Ακόμη μπορείτε να κάνετε διάφορες πεζοπορικές διαδρομές και να συναντήσετε όμορφα εξωκλήσια και σημαντικά ιστορικά μνημεία.

Τέλος, θα πρέπει να σημειωθεί ότι το νησί διαθέτει επιπλέον ελικοδρόμιο και λιμάνι ικανό να φιλοξενήσει αρκετά σκάφη αναψυχής. Για να κάνετε το γύρω του νησιού με σκάφος, θα χρειαστείτε περίπου 3 ώρες.