Το σπήλαιο του Πυθαγόρα βρίσκεται στο νότιο τμήμα του νησιού, στους πρόποδες του βουνού Κέρκης, 3 χιλιόμετρα έξω από το Μαραθόκαμπο.

Η ονομασία του οφείλεται στον μεγάλο αρχαίο μαθηματικό Πυθαγόρα, ο οποίος λένε ότι έζησε στη σπηλιά για δέκα ολόκληρα χρόνια προσπαθώντας να κρυφτεί από τον τύραννο Πολυκράτη. Άλλοι πάλι υποστηρίζουν ότι ο Πυθαγόρας πήγαινε συχνά στο συγκεκριμένο μέρος όταν ήθελε να συλλογιστεί και να συγκεντρωθεί σε σημαντικά φιλοσοφικά ζητήματα. Στις μέρες μας, η πρόσβαση στο σπήλαιο επιτρέπεται μέχρι ένα συγκεκριμένο σημείο.

Αξίζει να το επισκεφθείτε και να θαυμάσετε την υπέροχη θέα πάνω από τις βραχώδεις πλαγιές του Κέρκη. Για να φτάσετε ως εκεί, θα πρέπει να ακολουθήσετε ένα χωματόδρομο τριών χιλιομέτρων που ξεκινάει από τον Μαραθόκαμπο. Αφού αφήσετε το αυτοκίνητο, πάρτε το δύσβατο μονοπάτι 200 μέτρων, το οποίο θα σας οδηγήσει στην είσοδο της σπηλιάς.