Археологические находки , определенные в районе Агиоса Алексея, в Alлонитси, указывают, что на острове  было  развитое  доисторическое поселение в третьем тысячелетии до нашей эры По преданию, Агиос Эвстратиос ранее назывался Новым, потому что это был новый появившийся остров  после гибели острова Хриси недалеко от Лимноса.

В начале пятого века до нашей эры был заселен и  эллинизирован   афинянами, а во время римского периода было много боев в этом районе, которые привели к опустошению  многих островов до 2-го века нашей эры.

В византийский период страдал от многих нападений пиратов, поэтому, когда  высадились на остров в 813 г. н.э. нашли только 2 человека. Остров был присоединен к монастырю Великой Лавры на Афоне и имел большое экономическое возрождение вместе с ростом населения. За этот период жителями и был построен поселок Агиос Минас.

В 14 веке перешел  в руки Генуэзцев. Однако, пираты продолжали атаки, потому к началу 16 века был опустошен. В 1540 году после соглашения о прекращении огня между венецианцами и турками ,Агиос Эвстратиос попал  в руки турок. В 17-ом и 18-м веках произошел значительный экономический рост на острове и его обитатели поставили акцент на сельском хозяйстве и рыболовстве. Во время греческой революции 1821 года было важное участие отдельных моряков экипажей судов из близлежащих островов. В конце концов, греческое обладание Агиосом Эвстратиосом был признано в 1914 году великими державами.

С 1928 по 1963 год остров использовался как место политической ссылки. Во время гражданской войны, изгнанных достигло 6000,которые жили в палатках и глинобитных зданий. Через Агиос Эвстратиос ,как заключенные, прошло много важных  греческих интеллектуалов, как: Иоаннис Рицос, Maикис Теодоракис,, Тассос LЛивадитис,, Костас Варналис, Манос Катракис,, Никос Карузос,  Константин Варналис.

Нынешнее поселение  было построено после разрушительного землетрясения 1968 года. Жители покинули свои дома и были размещены в новом поселке, который был построен на месте  садов.